Lata pięćdziesiąte. Uznany powszechnie uzdrowiciel Jan Mikolasek przyjmuje setki pacjentów. Kolejne dziesiątki leczy korespondencyjnie. Znachor ma wieloletnie doświadczenie zielarskie i zdumiewający „dar boży” do rozpoznawania chorób. Na swojej działalności doskonale zarabia. Stać go na wystawienie wygodnej posiadłości i limuzynę z szoferem.
Dla czechosłowackich komunistów osoba taka jest jednak plamą na socjalistycznym honorze. Śmierć prezydenta usuwa parasol ochronny i systemowy konformista zderza się ze służbą bezpieczeństwa.
Jan Mikolasek, dotychczas sługa kolejnych systemów i władz, popada w niełaskę i trafia przed sąd.
„Szarlatan” opowiada o powszechnie znanym uzdrowicielu z Czechosłowacji, postaci autentycznej. Agnieszka Holland kolejny raz bierze na warsztat zderzenie jednostki z totalitaryzmem. Ale historia Mikolaska to nie tylko pretekst do rozprawy z historią.
Opowieść o uzdolnionym zielarzu w apogeum systemowej represji skupia się na intymnym życiu bohatera i romansie z osobistym asystentem. Raz jeszcze u polskiej reżyserki wybrzmiewa teza o skomplikowanych czasach, których nie można oceniać wyłącznie w kategoriach bohaterstwa i tchórzostwa. Czasach, w których każdy może okazać się sprytnym oportunistą lub milczącą ofiarą.